“かざんポケモン”バクフーンたちと旅を続けている少年・ケンタは、道中たどり着いたポケモンセンターで幼馴染のマリナと再会を果たす。“よなきポケモン”ムウマを連れたマリナは、アイドルトレーナーを目指し修行を続けているという。
久しぶりの再会に、お互いのレベルアップを確かめ合おうとポケモンバトルを始める2人。だが白熱のさなか、突如として凄まじい雷鳴が轟き、雷雲が立ち込め稲妻が走る。ただならぬ雰囲気に何かを感じたのか、雷鳴のほうへと飛び出すムウマたち。慌てた2人はそれを追う。
時を同じくしてロケット団のバショウとブソンは、ポケモンセンターからほど近い荒野にて“クリスタルシステム”を起動する。稲妻を呼び寄せ、そこから放射されるエネルギーに惹かれ、クリスタルシステムの下に集まる電気ポケモンたち。そんなポケモンたちを捕獲しようと、巨大な秘密メカ・チキンウォーカーを操り襲いかかるブソン。ケンタとマリナはそれを目撃する。
飛び出そうとするケンタ。しかしそれよりも少し早く、何者かの咆哮が大地を揺るがす。小高い丘に浮かび上る電気をまとったシルエット。空を突き破る雷とともに、“いかずちポケモン”ライコウが現れる。
