原作：平野耕太（少年画報社刊「月刊YOUNG KING OURs」連載）
総監督：飯田馬之介
監督：浦田保則
シリーズ構成：小中千昭
キャラクターデザイン：村田俊治
メカニックデザイン：河野悦隆
放送期間 2001年10月 - 2001年12月
話数 全13話
20世紀末、英国では不可解な吸血鬼事件が頻発し、「ヘルシング機関」がその解決にあたっていたが、ヘルシング本部が強襲されるなど多大な被害を受ける。一方で犬猿の仲であるバチカン及びその直属「イスカリオテ機関」と紆余曲折を経て協力関係を持ち、事件の黒幕が南米に逃れたナチス残党による組織「ミレニアム」だと知る。
ブラジルでの戦闘を経て、ミレニアムの正体が先の大戦末期ヘルシング機関が潰した「少佐」と呼ばれる男の部隊であるとわかる。それに対して、少佐は英国王室の会議に乗り込み宣戦布告を行い、無視されたイスカリオテ機関は英国とミレニアムをともに潰そうとする。
そして、ミレニアムは少佐率いる1000人の吸血鬼部隊を率いて再び英国本土を強襲、これに乗じたヴァチカン教皇庁の第九次空中機動十字軍3000人も加わり、ヘルシング機関を合わせた三つ巴の大戦争が始まる。
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